Abdallah Mukhlis nasceu em 27 de dezembro de 1878, na cidade de Aintab, então pertencente à província otomana de Alepo, atual território da Turquia. Sua família, conhecida pelo nome “Shibji Khojazadeh”, tinha origem na cidade de al-Hudayda, no Iêmen. Seu pai, Mohammad Mukhlis, era oficial do exército otomano, e sua mãe era da família Hasirji. Ele teve uma filha chamada Maqbula.
Ainda criança, Mukhlis mudou-se com a família para Haifa, devido à transferência de seu pai. Foi matriculado na escola Rushdi da cidade e concluiu os estudos em 21 de julho de 1890. Após a conclusão, seu pai decidiu que ele não precisaria seguir com a educação formal.
Quando a família foi transferida para Jenin, ele passou a frequentar um dos escritórios do governo local para aprender caligrafia e ofício de escriba, além de ler relatórios e ordens emitidos pelo administrador do distrito, Mohammad Raouf Bek. Toda a documentação era redigida em turco otomano, idioma oficial das repartições públicas.
Sem frequentar escolas formais, Mukhlis buscou formação junto aos estudiosos religiosos de Nablus. Estudou com Shaykh Hassan Hashim, mufti da cidade; Shaykh Dawood Hashem, membro da Corte de Apelações Muçulmana de Jerusalém; e Shaykh Abdullah Soufan al-Hanbali.
Em 14 de abril de 1893, Mukhlis iniciou sua carreira pública como escriba-chefe da municipalidade de Jenin, tornando-se posteriormente o tesoureiro da prefeitura. Nomeado funcionário do Banco Agrícola Otomano em Nablus em 22 de julho de 1896, dois anos depois, foi designado também tesoureiro da instituição. Em 4 de junho de 1900, assumiu o cargo de contador-chefe da agência do banco em Jenin, sendo transferido em seguida para a mesma função na cidade de Tiro, então parte da província de Beirute.
Finalmente, em 24 de julho de 1907, deixou o banco para ingressar na administração da Ferrovia de Hijaz, em Haifa, ocupando uma posição no setor de investimentos, sendo promovido a chefe da divisão dois anos depois. Nesse período, fundou a Associação Cooperativa dos Empregados da Ferrovia, visando defender os interesses dos trabalhadores. A entidade foi fechada pelo Conselho Consultivo do Império Otomano seis meses após sua fundação.
A partir de 1909, Mukhlis começou a publicar artigos em periódicos em árabe e turco, como al-Muqtabas, al-Nafaʾis al-Asriyya, al-Liwa’, al-Mufid, Zaman, al-Taraqqi e Sabah. Seus textos abordavam o patrimônio árabe-islâmico e a arquitetura histórica da Palestina e da Jordânia. Em 13 de março de 1914, foi dispensado da ferrovia após conflito com o gerente alemão Deichmann, por discordar da imposição de compras exclusivas de suprimentos em fábricas alemãs, defendendo em seu lugar a realização de concorrências públicas.
Após o desligamento, Mukhlis passou a atuar como comerciante. Em 1922, foi nomeado agente de aquisições da biblioteca da mesquita de al-Aqsa, função na qual organizou uma coleção de manuscritos antigos, exemplares raros do Alcorão e outras obras oferecidas por estudiosos.
Em 3 de setembro de 1922, foi designado para supervisionar as contas da Diretoria de Waqf do Supremo Conselho Muçulmano em Jerusalém e também para integrar o conselho da Escola de Órfãos. Já em 1923, foi exonerado após manifestar críticas à gestão financeira do Conselho, retornando então ao comércio.
Em 1927, foi eleito membro correspondente da Academia Árabe de Damasco e passou a publicar seus trabalhos na revista da instituição. Em 1938, foi nomeado diretor-geral da Diretoria do Waqf Islâmico na Palestina. Permaneceu no cargo até maio de 1944, quando foi afastado. Após a saída da função, Mukhlis passou a se dedicar exclusivamente à redação de textos e à participação em programas na rádio palestina.
Durante esse período, continuou reunindo livros e manuscritos, transformando sua residência no bairro Sheikh Jarrah, em Jerusalém, em uma biblioteca de grande dimensão. O local se tornou ponto de encontro frequente de estudiosos.
Mukhlis mantinha contato com intelectuais do Levante, Egito e Iraque, entre eles Muhammad Kurd Ali, Ahmed Taymur Pasha, Anastas Mari al-Karmali, Sa‘id al-Karmi, Asʿad al-Shuqairi, Ajaj Nuwayhed, Najib Nassar, Issa Iskandar al-Maalouf e Hassan Husni Abdel-Wahhab. Também se correspondia com orientalistas europeus como Antonin Jaussen, David Samuel Margoliouth e Carl Brockelmann.
Após a adoção da resolução da ONU sobre a ocupação da Palestina pelas hordas sionistas, em novembro de 1947, Mukhlis temeu pela integridade de sua biblioteca, localizada próxima ao bairro judaico de Mea Shearim. Decidiu transferir a coleção para o convento do Sagrado Coração, em frente ao Hospital Francês. Posteriormente, o local foi bombardeado por milícias israelenses e a biblioteca foi destruída.
Mukhlis foi diagnosticado com câncer de próstata em abril de 1947 e passou por uma cirurgia no Hospital Francês, sem sucesso. Faleceu em 16 de dezembro de 1947, após oito meses de sofrimento. Foi sepultado no cemitério de Bab al-Sahira, ao norte da Cidade Velha de Jerusalém. Sua lápide registra:
“Aqui jaz em paz o falecido, pranteado pela ciência e pela pátria, o grande erudito e historiador Abdullah Mukhlis, diretor-geral do Waqf Islâmico na Palestina. Que Deus lhe conceda conforto em seu repouso final e faça do Paraíso sua morada.”
Mukhlis era fluente em árabe, turco e persa. Atuou como historiador da tradição árabe-islâmica e publicou artigos, pesquisas, traduções e livros entre 1909 e 1947. Seus escritos foram reunidos por Mohammad Khaled Kullab e publicados em três volumes, sob o título Artigos e pesquisas reunidos do historiador de Jerusalém, o grande erudito, historiador, arqueólogo e homem de letras Abdallah Mukhlis, pelo Centro de Pesquisas e Estudos Islâmicos Rei Faisal, em Riade, no ano de 2019.