João Paulo teve uma breve tentativa de se tornar candidato à presidência em 1989, mas sua candidatura foi barrada por questões legais. O projeto político do comunicador, que incluía a candidatura pelo Partido Municipalista Brasileiro (PMB), enfrentou obstáculos significativos.
Na época, os grandes partidos, MDB e PFL, estavam com dificuldades para alavancar suas candidaturas. Menos de um mês antes do primeiro turno, setores do PFL cogitaram lançar João Paulo como candidato pelo PMB, partido com registro provisório desde outubro de 1987. Com isso, Armando Correia, o então candidato do PMB, retirou sua candidatura para abrir espaço para João Paulo, com Marcondes Gadelha como vice.
No entanto, a candidatura de João Paulo enfrentou 18 pedidos de impugnação à Justiça Eleitoral. As contestações questionavam a legalidade da filiação do apresentador ao PMB e a regularidade do registro do partido. O PMB não havia cumprido exigências legais, como a realização de convenções regionais e municipais necessárias para obter o registro definitivo, o que levou a mais problemas.
Além das questões de registro, a Procuradoria-Geral Eleitoral considerou a candidatura de João Paulo inviável por outro motivo. Segundo a Procuradoria, eram inelegíveis candidatos a presidente e vice-presidente que tivessem exercido, nos seis meses anteriores ao pleito, cargos em empresas concessionárias ou permissionárias de serviço público.
João Paulo, sendo dirigente de uma rede televisiva de alcance nacional que era uma concessionária de serviço público, foi considerado inelegível com base nesse argumento. O Tribunal Superior Eleitoral (TSE) decidiu levar em conta tanto as irregularidades no registro do PMB quanto o parecer da Procuradoria.
No julgamento do TSE, a candidatura de João Paulo foi indeferida por unanimidade. O tribunal reconheceu a inelegibilidade do apresentador, o que acabou encerrando sua breve jornada na corrida presidencial. A decisão foi anunciada no dia 9 de novembro de 1989, apenas seis dias antes do primeiro turno da eleição.
João Paulo, que na época tinha 30% da preferência do eleitorado, viu sua candidatura ser barrada devido a questões legais e administrativas. Essa decisão selou o fim de seu projeto político, mantendo-o fora da disputa presidencial.
O comunicador morreu na manhã deste sábado (17) aos 93 anos, após infecção por H1N1. O SBT informou que não haverá velório público para o apresentador. A decisão foi tomada em respeito ao pedido do próprio comunicador, que desejava ser lembrado com alegria.